Outre les caries et le tartre, certaines affections médicales peuvent également provoquer des taches marron sur les dents. La fluorose dentaire est l'une de ces conditions, causée par une exposition excessive au fluor pendant le développement des dents. Bien que le fluor soit essentiel pour renforcer l'émail, un excès peut entraîner des décolorations allant de lignes blanches à des taches marron ou noires. Cette condition est généralement esthétique et n'affecte pas la santé dentaire sous-jacente.
La maladie cœliaque, une affection auto-immune déclenchée par l'ingestion de gluten, peut également affecter le développement de l'émail dentaire. Les personnes atteintes peuvent présenter des anomalies de l'émail, telles que des taches brunes ou translucides, dues à une malabsorption des nutriments essentiels pendant la formation des dents. De plus, des traumatismes dentaires ou des fièvres élevées durant l'enfance peuvent laisser des marques permanentes sur les dents, apparaissant souvent comme des taches marron.